知网查重系统运行缓慢可能是由于服务器负荷过大所致。随着用户数量增加，服务器压力增大，导致系统响应速度变慢。此外，网络连接不稳定、软件版本过旧等也会影响系统运行速度。为解决这一问题，可以考虑优化服务器配置、升级网络设备、定期更新软件版本等措施。

另外，知网查重系统运行缓慢还可能与数据库索引不完整、程序代码优化不足等因素有关。数据库索引不完整会导致查询速度变慢，程序代码优化不足会增加系统负担，影响系统运行速度。针对这些问题，可以进行数据库索引优化、程序代码重构等操作，提升系统运行效率。